世界上常見的食品微生物檢查指標有大腸菌群、菌落總數、致病菌、霉菌及其毒素和病毒等。當前我國衛生部頒布的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌3項。

        1、大腸菌群

        大腸菌群包括腸桿菌科的埃希氏菌屬，檸檬酸桿菌屬，腸桿菌屬和克雷伯菌屬 。它們均來自人或溫血動物腸道，不形成芽孢，在電熱恒溫培養箱35－37℃條件下發酵乳糖產酸產氣的革蘭氏陰性桿菌。這些細菌是寄居于人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便污染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便污染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。

        2、致病菌

        致病菌即能夠引起人們發病的細菌。大腸菌群檢驗呈陽性，并懷疑食品可能受到致病菌污染時可進行致病菌檢驗。在我國現有的國家標準中，致病菌一般指“腸道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙門氏菌、志賀氏菌、金黃色葡萄球菌、致病性鏈球菌等四種，致病菌不允許在食品中檢出。

        對不同的食品和不同的場合，應選擇一定的參考菌群進行檢驗。如海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋制品以沙門氏菌菌、金黃色葡萄球菌、變形桿菌等作為參考菌群，米、面類食品以蠟樣芽孢桿菌、變形桿菌、霉菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽孢菌作為參考菌群等。

        3、霉菌及其毒素

        我國還沒有制定出霉菌的具體指標，鑒于有很多霉菌能夠產生毒素，引起食物中毒及其他疾病，故應該對產毒霉菌進行檢驗。如曲霉屬的黃曲霉、寄生曲霉等，青霉屬的橘青霉、島青霉等，鐮刀霉屬的串珠鐮刀霉、禾谷鐮刀霉等。

        4、病毒

        微生物指標還應包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬芷克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水泡病毒等

        5、其他

        從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標，如旋毛蟲、囊尾蚴、豬肉孢子蟲、蛔蟲、肺吸蟲、弓形體、螨、姜片吸蟲、中華分枝睪吸蟲等。

        美國開展的食品微生物檢驗項目主要包括：需氧菌平板計數、糞大腸菌群、大腸埃希氏菌、凝固酶陽性葡萄球菌、沙門氏菌、霍亂弧菌、副溶血性弧菌、單核細胞增生李斯特氏菌、創傷弧菌、肉毒梭菌、麻痹性貝類毒素、神經性貝類毒素、遺忘性貝類毒素以及組胺等。