根據待檢標本的性質、培養目的和所用培養基的種類，采用不同的接種方法。
1．平板劃線分離培養法
對混有多種細菌，采用劃線分離和培養，使原來混雜在一起的細菌沿劃線在瓊脂平板表面分離，得到分散的單個菌落，以獲得純種。平板劃線分離法通常有兩種方法：
①分區劃線分離法：此法常用于含菌量較多的細菌的分離。先用接種環挑取標本涂布于瓊脂平板1區（占培養基總面積的¼）并作數條劃線，再于2、3、4區依次劃線。每劃完一個區域，均將接種環燒灼滅菌1次，冷后再劃下一區域，每一區域的劃線均與上一區域的劃線交接1~3次。一個成功分區劃線的平板，培養后分別觀察1區形成菌苔，2區菌落連成線，3區和4區可分離到單個菌落。
②連續劃線分離法：此法常用于含菌量不多的標本或培養物中的細菌分離培養。方法是先將接種物在瓊脂平板上1/5處輕輕涂抹，然后再用接種環或拭子在平板表面曲線連續劃線接種，直至劃滿瓊脂平板表面。
2.瓊脂斜面接種法
主要用于菌落的移種，以獲得純種進行鑒定和保存菌種等。用接種環（針）挑取單個菌落或培養物，從培養基斜面底部向上劃一條直線，然后再從底部沿直線向上曲折連續劃線，直至斜面近頂端處止。生化鑒定培養基斜面接種，用接種針挑取待鑒定細菌的菌落，從斜面中央垂直刺入底部，抽出后在斜面上由下至上曲折劃線接種。
3．穿刺接種法
此法多用于半固體培養基或雙糖鐵、明膠等具有高層的培養基接種，半固體培養基的穿刺接種可用于觀察細菌的動力。接種時用接種針挑取菌落，由培養基中央垂直刺入至距管底0.4cm處，再沿穿刺線退出接種針。雙糖鐵等有高層及斜面之分的培養基，穿刺高層部分，退出接種針后直接劃線接種斜面部分。
4．液體培養基接種法
用于各種液體培養基如肉湯、蛋白胨水、糖發酵管等的接種。用接種環挑取單個菌落，傾斜液體培養管，在液面與管壁交界處研磨接種物（以試管直立后液體淹沒接種物為準）。此接種法應避免接種環與液體過多接觸，更不應在液體中混勻、攪拌，以免形成氣溶膠，造成實驗室污染。
5．傾注平板法
本法主要用于飲水、飲料、牛乳等標本中的細菌計數。取純培養物的稀釋或原標本1ml至無菌培養皿內，再將已融化并冷卻至45~50℃左右的瓊脂培養基15~20ml傾注入該無菌培養皿內，混勻，待凝固后置電熱恒溫培養箱37℃培養，長出菌落后進行菌落計數，以求出每毫升標本中所含菌數。先數6個方格（每格為1cm2）中菌落數，求出每格的平均菌落數，并算出平皿直徑，然后按下列公式計數，求出每毫升標本中的細菌數。
全平板菌落數=每方格的平均菌落數×лr2
每ml標本中的細菌數=全平板菌落數×稀釋倍數
6．涂布接種法
本法多用于紙片擴散法藥敏試驗的細菌接種。將一定量或適量的菌液加到瓊脂培養基表面，然后用滅菌的L型玻璃棒或棉拭子于不同的角度反復涂布，使被接種液均勻分布于瓊脂表面，然后貼上藥敏紙片，或直接培養，本法經培養后細菌形成菌苔。
